Si tienes estos directorios:
|- www
|-- file_inside_www.php
|-- another_file
|- scripts
|-- the_script_for_include.php
En "file_inside_www.php" podrías hacer un
Código PHP:
include('../scripts/the_script_for_include.php');
Supongo que algo así funcionaría.
Con ".." te vas al "directorio padre".