Todo parece estar bien en la configuración del Apache, a mi en algún momento me pasó lo mismo, y para solucionarlo borre TODAS las otras extensiones y deje sólo la que yo uso. Además si vos tenés en el directorio donde guardas tus sitios una página index.php y otra index.html el navegador te abre la que tiene extension .html. Proba con poner la dirección completa de la página, tal como localhost/tusitio/index.phtml......seguro que así va a funcionar.
Saludos....
Leo(!)
