para hacer un menú, tengo que hacerlo en todas las páginas de mi web? y a la hora de

[regui]

Si el menu solo lo haces en una pagina HTM si tienes que hacerlo en todas las páginas, y para cambiarlo también. Pero con copiar y pegar no se tarda mucho. Y sino con programas como el Ultraedit, te permiten reemplazar en todos los HTM el código que quieras.
De todas maneras también lo puedes hacer por Iframes, aunque no te lo recomiendo porque no todos los exploradores los admiten
En cuanto a que en tu actual página a 800x600 no se ve entero y no le sale scroll es porque en el frameset, debes tener puesto por algún lado que no te lo muestre, porque si no por defecto, cuando lo necesitas te lo pone el IE.