En el Flash, en las opciones Archivo > Configuración de Publicación > En la pestaña de HTML > Dimensiones > Escoges Porcentaje > y lo pones en 100% tanto alto como ancho.
O en el html donde se manda llamar el swf en la parte donde dice width, height en lugar de darle un valor númerico absoluto, se lo das en porcentaje o relativo.
Saludos desde México.
