Hola:
La manera que usé para implementar mi nube de tags lo explico escuetamente en este apunte:
Este diario: Las etiquetas... usando una tabla donde pongo el nombre, descripción (sé que no se suele usar) y los id's asociados (que vendrían a ser los artículos, aunque yo los llamo apuntes)
Claro que en cada consulta se hace una lectura de la tabla completa, pero para un número reducido de etiquetas no es problema.
Saludos
