Fijate que te dejastes los <? y ?> de apertura/cierre de código PHP .. es más si editas el código HTML que produce esa línea de código tras ejecutar tu página veras que se imprime "textualmente" lo que tenías puesto y no la interpretación de tu variable ..
Código PHP:
opener('listado_comerç.php?archivo=<? echo $row["archivo"]; ?>'','width=400,height=400')
Un saludo,