Subir ficheros generados con Eclipse automaticamente en Tomcat

[luis_vega]

No estoy seguro de haberte entendido bien, pero tanto si lo que ocurre es que durante su ejecucion la aplicacion crea archivos, como si es el usuario el que proporciona el archivo al servidor para que este lo incorpore a su sistema de archivos; dicho archivo queda inmediatamente disponible para el usuario sin necesidad de refrescar nada.
Si la ubicacion del archivo es un directorio publico, escribiendo su URL, si se ubica en un directorio privado, mediante una peticion al servlet que construyas para servirlo.

Todo esto, imaginando que estamos hablando de una aplicacion web, claro.