Ignoro a que te refieres cuando dices «Versión del protocolo» y «Versión del cliente Apache» (aquí creo que andas un poco perdido), y un dato muy importante es la versión de PHP (casí más importante que todo lo que pusiste).
Con respecto al charset, influye. Si esa es la codificación que usabas en el otro servidor debe quedarse.
Crea un archivo info.php en tus servidores y visualizalos en tu navegador. Comparalos.