Que tal, Mira lo que yo he realizado incluso con datos.
Tengo Mysql 3.2.3 y el programa Mysql Front 2,5.
Con el Mysql Front me conecto a la base de datos, y en la opción Import/Export, selecciono exportar tablas una o varias.
Esto te general un archivo.sql con la estructura y con los datos, es decir si lo miras por block de notas verás que tiene la sintaxis:
CREATE TABLE......................ETC
y Más abajo los INSERT INTO de todos los datos.
(Si deseas solo la estructura de la tabla supongo que le quitas los INSERT INTO y listo).
Luego ese archivo.sql lo guardas en el directorio C:/Mysql/Bin
Entonces te conectas a la base de datos, luego haces un QUIT para que te deje en la ruta física y luego importas eso:
sería:
C:\mysql\bin> mysql -uroot -password nombrebasededatos <archivo.sql
Y listo no le pongas ; al final.
Saludos.