Ambas cosas puedes hacer ..
1) .. conectar a tu servidor POP3 .. Lo puedes hacer por IMAP (funciones) o por sockets ..
Tienes algunas classes ya implementadas para esa taréa (vamos, para no ir reinventando la rueda una vez más xD)
En
http://www.phpclasses.org segúro que encuentras alguna .. o en
http://pear.php.net
2) .. accceder al sistema lo puedes hacer con funciones como:
exec(), system() y algunas mas .. Sólo ten encuenta que PHP al "salir" al S.O. (en Linux) sale con el usuario "Nobody" o el que tenga Apache (según la instalación de PHP en ese servidor ..)
Un saludo,