Pueden estar pasandote varias cosas, o que efectivamente tengas saltos de linea, o que tus textos tengan caracteres reservados, (comillas, comillas dobles etc),
ejemplo el archivo que cargas usa
este es un "texto",
ó
<p class='xxx'>Texto</p>
podés solucionarlo con cosas como esta
<?php
$contenido = file_get_contents('texto.txt');
$contenido= preg_replace("/(\n|\r)/","",$archivo);
$contenido = htmlentities($archivo);
?>
Aunque lo más fácil sería cargarlo con Ajax, que te codifica todo
Saludos