Pues . como dice Manoloweb .. en la función file() podrás ver como lleer tu archivo hacia un array .. y si miras los ejemplos verás que usando implode() lo obtendrás en un string (cadena) ..
Código PHP:
$string = implode ('', file ('tuarchivo.tal'));
Una vez que tengas tu archivo en una "cadena" (string) .. sólo tienes que "filtrar" tu página (que contiene tu contenido + tag HTML y demas ..) para quedarte con el "texto" sólo .. Eso lo puedes hacer con expresiones regulares como por ejemplo:
Código PHP:
$string= ereg_replace('<[^>]*>','',$string);
Y a ese string "limpio" ya podrás usar tus funciones de cadenas como substr_count() para buscar lo que requieras ..
Un saludo,