Pues yo .. sin complicarme con echo"" .. usaría sintax "Here doc" que para estos casos va de perlas ..
Código PHP:
echo <<< javascript
<script language="JavaScript">
function Abrir_ventana (pagina) {
var opciones="toolbar=yes,location=yes,directories=yes,status=yes,menubar=yes,scrollbars=yes,resizable=yes,width=508,height=365,top=0,left=0";
window.open(pagina,"",opciones);
}
</script>
javascript;
Y ese bloque lo pones donde corresponda ... O bajo alguno de esos "if" (condicionales) o fuera de todo condicional .. (el caso que no sé que hace ese código "fuera de contexto" .. pero eso ya lo sabrás tu mejor que yo ..)
Un saludo,
pd: (ojo con los salto de línea en javascript .. asegurate de que cáda sentencia esté en una línea ..