Sí, perfecto. Es la idea, que en IE9 no aparezca.
Código:
<body>
···<br>
<!--[if lt IE 9.0000]>
Es un IE anterior a versión 9.
<![endif]-->
<br>···
</body>
Cambia por
10.0000 y en el tuyo se va a ver, porque es 9.
Lo del favicon es otra historia, bastante molesta, yo tuve que limpiar la caché de Chrome para ver uno actualizado. La "caché de Chrome" es un problema.
En fin, con respecto a lo que hagan los navegadores, habría que ver qué código estás tratando de mostrar. Puede que no sea culpa del IE.