Cita: ¿Puede ser porque hay que poner enlace personalizado en cada menú?.
No, no hay que personalizar nada, el plugin crea los enlaces dento de cada idioma automáticamente. Actualiza los enlaces permanentes. Fíjate si la version del plugin es compatible con la versión de WP. Desactiva el resto de plugins y pruébalo en uno de los temas por defecto de WordPress.
Así será más fácil averiguar donde está el problema.