El autoloader lo único que hace es evitar que tengas que hacer un include() para traer la definición de la clase y la puedas incluir sin que se genere un error.
Respecto a agregar más clases, para eso es el autoloader, puedes instanciar las clases que quieras y se van a incluir siempre y cuando tengan la misma estructura de nomenclaturas / carpetas, por ejemplo:
Código PHP:
Ver originalclass Foo {
public function bar() {
$foobar = new Foobar();
$baz = new Baz();
$foofoo = new Foofoo();
}
}
El autoloader funciona tantas veces como clases sea necesario, y sí es un poco más lento a hacer un include() directamente, pero realmente no es notorio en la vida real por lo que no te preocupes no es un cuello de botella ni mucho menos, aparte de que guarda un cache de lo que se incluyo, por lo que solo es marginal la diferencia.
Saludos.