entiendo que en C el disco de 1TB tienes unicamente el SO en este caso un Win7 verdad y todos tus archivos están en D el disco de 250GB, hasta ahí todo bien
de ser el caso...
pasa todos los archivos del disco D al disco C, una vez hecho esto desconecta el disco C y quédate solo con el disco D.
instala desde 0 el Win7 en el disco de 250GB, una vez terminado puedes volver a conectar el disco de 1TB, lo reconocerá como un disco de datos así aun tenga instalado el SO, no te va a salir el boot dual ni nada parecido.
finalmente puedes borrar la carpeta de Windows del disco de 1TB o pasar nuevamente toda tu data al disco C que ahora seria el de 250GB, formatear el disco D (1TB) para volver a pasarle los datos sobre un disco limpio.