Pues en Linux .. metiendo tu script en un Cron Job .. en Windows con algún "Programador de tareas" ..
Si usas un servicio de hosting .. mira que en tu panel de control si te dejan usar Cron Job (no todos los ISP's lo permiten).
A todo esto, deberías tener en cuenta algunas consideraciones sobre el diseño de tu script para usarlo bajo un "Cron Job" o similares .. donde vas a tener que llamar a PHP CLI o CGI (osese, que no pase por tu servidor HTTP ..)
Más info:
http://www.php.net/manual/en/features.commandline.php
Un saludo,