Pasa lo que te dijo kech. Un posible código sería:
Código PHP:
if($v == 1) {
echo "<script>alert('Mensaje 1')</script>";
} else {
echo "<script>alert('Mensaje 2')</script>";
}
Eso haría que el php escriba en tu codigo fuente el codigo javascript, y el navegador lo interpretaría mandando el mensaje de alerta.
Salu2
