Una posible opción para evitar que el swf se cargue del caché sería agregar un parámetro, algo como:
Código PHP:
Ver original$swf = "ruta/animacion.swf?now=$now";
Esto no evita que el navegador guarde en caché el SWF, en teoría, lo que hace es forzar la descarga siempre desde tu sitio.