pues el indice si hay campos repedidos no te lo va a tomar es logico.
lo que tendrias que hacer ahi es primero meter todos tus campos, es decir fucionar de forma completa todas las tablas de todas las bases y luego, recorrer con (PHP si usas PHP) toda la tabla campo a campo y ver si se repite alguno hacer lo que corresponda (renombrar, eliminar etc) luego si, creas el indice unique.
si lo que quieres hacer es no insertar en la fucion los campos con el mismo nombre repetido puedes usar la consulta como la planteaste tu o bien si no te anda prueba asi:
tendras que usar alias en el select para que los campos tengan el mismo nombre que donde los vas a insertar y esten en el mismo orden.
igualmente como es una reforma particular (no es algo que aras todos los dias me imagino) te recomendaria la primer opcion, que te armes un escript php donde hagas todo lo de recorrer las dos tablas y evaluarlas y luego insertarlas en la nueva.
si bien puede ser un poco ineficiente no importa porque solo lo ejecutaras esta vez para solucionar el problema y nada mas.
cualquier cosa me avisas si se te complica saludos