Hola,
El "truco" esta en serializar y deserializar el array. Tienes como hacerlo en las FAQs, en concreto
http://www.forosdelweb.com/showthrea...072#post262072 . Lo explica para link, pero puede servir perfectamente para cookies. Es la forma de meter un array en una variable de texto.
Saludos.
PD: Tambien puede ser que no haya entendido tu pregunta y te haya liado aun mas.