Ese problema he podido solucionarlo poniendo un input al pié del chat y utilizar focus cuando se envía o se actualiza el texto.
function updatechat(){
lo que hace cuando se actualiza
document.nombreformulario.nombredelinput.focus();
}
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En el pié:
<div style="display.none">
<form name="nombreformulario" id="nombreformulario">
<input type="text" name="nombredelinput" id="nombredelinput">
</form>
</div>
Si no te funciona prueba a no hacer el div display none y poner un campo de formulario tipo checkbox