Hola,
¿Te refieres a incluir paginas externas? Supongo que haciendo algo asi:
Código PHP:
include("http://www.example.com/index.php");
Si es asi, no estas incluyendo el codigo PHP de la pagina, sino el HTML generado. Lo mismo si usas fopen() u otra funcion pasandole una URL. Asi que si es eso lo que haces, no deberias preocuparte por el codigo PHP/ASP/etc. Mas bien deberias preocuparte por el Javascript, que se van a ejecutar en el navegador de tu usuario.
Asi que mientras uses URLs, creo que no deberias tener problemas.
Saludos.