Organización sitio web PHP (plantillas, páginas error, etc.)

[DooBie]

Para limitar el acceso al directorio, ya depenede de como lo quieras hacer, sesiones, htaccess o lo que se te ocurra.
En cuanto a poner las librerias fuera, no me refiero a ponerlas en la raiz, sino, un nivel por debajo, aunque esa opcion es dificil que puedas hacerla en un hosting compartido, si no puedes, pues lo pones en un directorio y lo proteges como mejor sepas.

Pero ya digo, que esta es una opcion, hay mas.