Si tienes bien los permisos, pero has tenido microcortes al subir los archivos podría haberse corrompido alguno. Si los temas tienen un style.css y están en su directorio /wp-content/themes/ deberían verse.
Si aun así, no se ven pueden ser varias cosas, a bote pronto se me ocurren dos:
-que algún plugin interfiera (saldrás de dudas desactivando todos los plugins)
-que no se haya instalado bien WordPress
¿Versión que estás usando?
¿Hiciste alguna acualización?
¿Recuerdas qué estabas haciendo cuendo comenzó el problema?