Si, perfectamente, mirá
http://emprear.dnsd.info/mysql/2divs.php
Te aclaro que el resultado final en mi ejemplo tiene algunos errores ya que como usé una tabla que ya tenía, hay algunos id (Cordoba por ejemplo, a propósito mirá como el label para córdoba siempre hace que se tilde el primer checkbox para esa ciudad), que se generan repetidos, y otros, como "Santa Fé" no son un id válido, pero en tu caso, esos problemas no se presentan.
Pero la estructura queda perfecta, 2 columnas en base a una condición, el
<form>
</form>
lo agregas en el html, no hace falta que lo genere el php
SAludos