Ahora sí.
En teoría y según he podido comprobar con el tiempo, es mejor que no nos fiemos ciegamente en los datos que nos dicen desde las WMT y las SERPS. En mi caso, por ejemplo, las WMT dice que tengo prácticamente el 99% del sitio indexado, pero en las SERPS estará entorno al 40%.
Es normal, quizás, que al haber hecho un cambio tan drástico, esté todo un poco loco. Dale tiempo al buscador para que rastree todo tu sitio de nuevo y las vaya indexando poco a poco.