Hola, si bien existe la sentencia sleep() que detiene la ejecucion de un script por una cantidad determinada de segundos (no se si en ese momento muestra lo que se ha procesado hasta ahora), te recomiendo que utilices una pagina de transicion, es decir... una vez ejecutada una parte del script lo redireccionas a una pagina en la cual le muestras el mensaje y mediante de un meta tag refresh lo redireccionas a la pagina siguiente.
para mas info
http://www.php.net/sleep
Saludos
Nok.