jQuery tendría que ir en /app/assets/javascripts. Lo que no sé es lo que son "plantillas jQuery".
Las imágenes van en la carpeta /public. En realidad CSS y Javascript pueden ir ahí también, public es como si accedieras a la carpeta raiz desde el navegador, pero, si vas a usar Coffe y Sass, mejor que CSS y javascript vayan a su sitio en /app/assets.
Y "el código" no sé a qué te refieres. En layouts sólo va la estructura general del sitio, incluso, normalmente y en la mayoría de casos lo que vayas a poner como header/footer. En las vistas van las vista de cada modelo~controlador.