justamente tenia yo ese problema pero lo solucione de la siguiente manera llamandolo desde la clase como un inputstream de la siguiente manera
InputStream In = this.getClass().getResourceAsStream("/nombrepaquete/nombrearchivo.xml");
asi declaras el inputstream llamandolo , ojo la diagonal debe ir antes del nombre del paquete que contiene tu archivo xml y despues otra diagonal con el nombre de tu archivo xml y su extension , ami me sucedia lo mismo con netbeans funcionaba bien y al compilar no lo reconocia , pero asi con el codigo como lo acabo de poner funciona al 100 testeado espero te ayude a solucionar tu problema , de cualquier manera si no me comprendiste te paso el dato de donde obtube la solucion
http://download.java.net/jdk8/docs/t...resources.html
suerte