Un poco dificil de entender ya que nose bien como es el formato del archivo que estas usando... igual el problema puede ser que usas memory_count2 como indice del arreglo dinamico de punteros:
1° inicializas a memory_count2=1, y reservas memoria a depends_alone
2° si se cumple if (*depends_p == ' ') memory_count incrementa a 2, luego volves a reservar memoria a depends_alone(le reservas
dos punteros). Hasta aca todo bien
3°
Código C:
Ver originaldepends_alone
[memory_count2
] = (char *) realloc(depends_alone
[memory_count2
], sizeof(char)*memory_count
);
aca esta el problema: si reservaste dos punteros, osea posiciones 0 y 1 del arreglo de punteros, no podes acceder a depends_alone[memory_count2] ya que estas accediendo a la posicion 2 que no existe
Creo q ese es el error, sino trata de detallar mas que te marca el compilador
Saludos