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Iniciado por ArturoGallegos 
ok, ya me tome el tiempo para revisar tu código, en un comentario anterior te dije que el flash estaba mal insertado y te di un código valido para que lo implementaras... no lo has hecho.
he realizado la prueba insertando en un theme el mismo código de tu flash y me provoca el error, lo reemplazo con el que te di y funciona perfectamente.
A menos que me digas que lo estas insertando desde el editor de contenidos del propio wordpress no encuentro razón por la que aun no hubieras resuelto el problema, hazme saber si estas usando el editor para insertar el flash y darte alguna otra solución.
en cuanto al menú, te dije que en alguna parte de tu CSS estas definiendo la altura por esta razón se te corta, es un problema muy independiente al flash... si no es el CSS es el javascript que utilizas para mostrarlo el que inserta la altura impidiendo que se muestre el resto de los elementos... si eres observador en firefox todos los elementos del menú ocupan una linea pero en explorer ocupan 2 lineas, así que definir una altura fija es mala idea.
Gracias por tu ayuda. En realidad la vez que me diste el codigo de flash use el editor de codigo de Wordpress, ahora voy a intentar en el archivo en mi pc y luego lo subo al servidor y lo reemplazo.
Voy a probar, en cuanto al menu, voy a probar tambien en el css del menu, es menumatic.