Podes hacerlo asi:
echo '<table width="100%" border="0">';
echo "<tr><td>Titulo1</td><td>Titulo2</td></tr>";
while ($row = mysql_fetch_assoc($query))
{
echo "<tr><td>".$row['total_sexo_m_especialidad']."</td><td>".$row['carreras.nombre']."</td></tr>";
}
echo '</table>';