Hola,
Cita: El problema lo tengo con los archivos ZIP, si es mayor de 2Mb, no funciona (no detecta esto "application/x-zip-compressed" y por tanto da error.
No lo entiendo.
Bueno, no se si lo sabes, pero normalmente se limita el tamaño de los ficheros que se suben. Puede hacerse con un campo oculto del formulario (MAX_FILE_SIZE). O puede estar limitado por las directivas de PHP (upload_max_filesize, post_max_size). Revisa
http://www.php.net/features.file-upload
Saludos.