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Depende cual sea tu estrategia.

A "casi" todos los efectos los subdominios, esten alojados o no en sitios diferentes, son considerados como dominios independientes. Y digo casi porque algun caso he visto de subdominios en los sitelinks. Por lo tanto es casi cono si compraras otro dominio diferente.
Para lo bueno y para lo malo.

Si se coloca en subcarpeta midominio.com/blog. Pues son enlaces internos. buenos para algunas cosas como atraer trafico directamente a tu dominio principal, darle fuerza o "refrescar" contenido.

En Ambos casos , si usas directorios etc hay muchos que no admiten ninguna de las dos opciones.