Hola!
Mira....si va a ser un proyecto que vas ha adaptar posiblemente a teléfonos, tablets y demás te aconsejo esta web
http://www.responsinator.com/ para que vayas viendo el resultado.
En cuanto a tu problema...yo estoy adaptando una web y en mi resolución de pantalla es de 1920 x 1080 y aplico el diseño para dicha resolución. Luego lo que hice fue adaptar la resolución a 1024*768 porque mis diseños parto de esa resolución (considero que es prácticamente imposible adaptar al 100% los diseños a todas las resoluciones por la gran variedad que hay) y adaptar el css con un @media-queries hasta que se viese correctamente.
Así que te aconsejo partir de resoluciones más "corientes" como la de 1024x768 y ya a partir de ahí ir desarrollando tu web.
Ya nos vas comentando cómo te va.
Un saludo!