Bueno, ¿el servidor FTP es una maquina distinta que el servidor web con el upload? Porque si es el mismo, podrias localizar que carpeta del FTP es donde quieres guardar los ficheros y darle esa ruta al copiar el fichero subido por el upload.
Si esta en otro, debes revisar
www.php.net/ftp . Para usarlas deben estar habilitadas en tu PHP. Lo que harias seria guardar temporalmente el fichero en tu servidor web, conectarte a tu ftp, mandar el fichero del web al ftp y borrar el fichero del servidor web.
Saludos.