Hola,
Para un jefe de proyectos, la ecuacion costo/beneficio es vital. Para el contacto en el cliente tambien.
Una aplicacion prefabricada es ideal cuando ambas partes estan de acuerdo en que quieren algo rapido, barato, facil de personalizar, sencillo.
Y no es que la aplicacion se instala y ya. Se necesita de un desarrollador que tenga experiencia en ella. Puede haber bugs o puede que sea necesario instalar algo adicional. Alli es donde el valor agregado de un desarrollador hace la diferencia.
Por el lado del cliente, es importante hacerle saber el tema. Decirle "okey, te voy a instalar un portal completo" cuando uno planea usar PHPNuke me parece poco etico a menos que le agregues "pero va a tener un disclaimer abajo que diga 'powered by php-nuke' y un monton de visitantes van a verlo muy parecido a otros y ten en cuenta que..." para que el cliente tome la decision segun la imagen corporativa que quiera tener. Porque en internet, como te ven, te tratan.
Ahora, parte de un servicio integral de consultoria en web deberia incluir decirle "sugiero que en una primera etapa pongas esta informacion, en una segunda etapa incluyes estos servicios y bla bla bla". Y alli es donde tambien la experiencia en desarrollo puede servir de valor agregado para recomendar que hacer y que no hacer. Y esto, nunca podra ser reemplazado por ninguna aplicacion...
