Prueba en el menú Option -> Environmental setting -> VFAPI plugin a desmarcar la opción que tengas sobre MPEG-2
P. ej. ese error en un AVI se soluciona desmarcando la opción AVI2(OpenDML) File Reader, prueba algo similar para el SVCD...
De todas formas asegurate que tienes instalados los codec para MPEG-2 (si ver el archivo entonces bien), y que el tmpgenc no te haya caducado, pues a los 30 dias la versión free caduca y no se puede usar MPEG-2 que es lo que tú quieres.
También tienes la alternativa del Canopus Procoder, más fácil incluso de usar.
Un saludo
