Pues no es tan simple... creo que debes orientar tu solución un poco más a re-generar el archivo ya cambiado...
Por ponerte un ejemplo:
Código PHP:
$archivolineas=file("tuarchivo.txt");
//Creamos la variable donde se guardará el contenido
$nuevocont="";
//Le decimos que linea hay que modificar (recordando que la promer linea es la 0 no la 1
$linea=4;
//Determinamos el valor de la linea que será insertada
$cambiarpor="Esta es la nueva linea!!!"
for ($i=0;$i<count($archivolineas);$i++){
if ($i==$linea){
$nuevocont=$cambiarpor."\n";
} else {
$nuevocont.=$archivolineas[$i]."\n";
}
}
//Ahora si, abres tu archivo como escritura y sustituyes el
//contenido actual por $nuevocont
Queda?