Problemas para recorrer archivo validando campos.

[pateketrueke]

Deberías depurar cada iteración que haces, de otra forma no se puede adivinar por qué se detiene la validación.

¿Será acaso que después de la alerta hace la redirección y por eso no procesa las demás lineas?

Eso es bastante obvio en tu código, no entiendo por qué no te das cuenta.

Además si unlink() no funciona al menos deberías recibir un error.

¿Tienes activado el reporte de errores?

Pon atención a lo que haces.