Hola,
¿Te da un error? ¿No te genera el HTML correctamente? ¿Simplemente no hace lo que se supone que deberia hacer el formulario? Asi sin ver nada mas el codigo parece correcto (dependiendo de lo que sea "AQUI ESTARIA EL FORMULARIO"). Quizas tendrias que poner el atributo HTML name al formulario para que este correcto segun el standard. Y si el formulario es para subir ficheros, te falta el enctype="multipart/form-data".
En principio, si en ese formulario no usas mucho PHP, yo lo pondria directamente como HTML:
Código PHP:
<?php
include("header.php");
echo "<html>";
echo " <body bgcolor=\"#E9E9E9\">";
include("sartu_ekintza.phtml");
?>
<form method="POST" action="modules.php?name=Una_carpeta&file=mi_fichero"> AQUI ESTARIA EL FORMULARIO
</form>
<?php
echo "<hr>";
echo "</body>";
echo "</html>";
?>
Sobre todo si sabes que el formulario en HTML funciona.
Mira el HTML generado en tu navegador ("Ver codigo fuente") a ver si ves algun error HTML.
Saludos.