Cita:
Iniciado por Triby 
Para que php interprete el código del archivo debes usar include 'nombre_de_archivo.php'; en lugar de fopen() + fread()
Lo intente así:
fwrite($fi, fread($fi, "include 'header.php'"));
y asi:
fread($fi, "include 'header.php'");
y ya no lo puso literalmente como html sino que dejo en blanco
tendra quer ver con que la extensión del archivo es html?