Yo... un tanto...
La única teoría que puedo elaborar es que Penguin 2 le ha restado importancia a los enlaces al dominio en sí (a la pagina principal o portada), puesto que eso era lo que me mantenía al fondo de las tablas antes.
Obviamente, necesito que alguien pruebe mi teoría en un laboratorio de SEO.
Y no, no se te ocurra usar disavow. Siempre hay otras soluciones.