Cita:
Iniciado por BrujoNic 
Cuidado al instalar cualquier distro Linux en una llave de memoria USB con un disco duro en el equipo con Linux, ya que como no sabes, podes dañar el MBR. Es mejor hacer esto desconectando completamente los DD del equipo para realizar la instalación al USB.
Ahí esta respondida tu duda y problema, DESCONECTA EL DISCO DURO INTERNO.