Disculpas por dar una respuesta apresurada y equivocada, lo que puso caricatos esta muy bien, y yo voy a ampliarlo solamente.
Este será el script llamado js.js.
Código PHP:
function _alert(){
return "hola";
}
Este es la página donde se le dará uso al script
Código PHP:
<html>
<head>
<title>Titulo</title>
</head>
<body >
<script id="variable" language="javascript" src="">
var my_script = "js.js";
document.getElementById("variable").src = my_script;
</script>
<script language="javascript" type="text/JavaScript">
var algo = _alert(); // aca ya puedo usar el script que llamé
alert(algo);
</script>
</body>
</html>
Saludos