Estructura de web segun idioma.

[zuperpaginas]

Hola,
La mejor manera y mas usada, desde mi punto de vista, es usando distintas carpetas.
No es necesario creas 2 bases de datos, pero si es mejor que crees 2 tablas distintas dentro de la base de datos.
Google no te va a penalizar por nada de esto, así lo hacen todas las otras plataformas como OpenCart, prestashop, joomla, drupal, etc...