Cita: mira, yo me haría tantas tablas como páginas tenga.
Eso tampoco es correcto, porque una "pantalla" o vista puede estar conteniendo datos de más de una tabla, y debes además considerar las relaciones entre tablas...
Lo de los ID es irrelevante. Dependerán del diseño de relaciones y las PK que se puedan identificar, porque no es obligatorio que sean numericos, sino que identifiquen univocamente a cada registro, y que no sean NULL.
Cita: Intentando entender las Entidades relacionadas he llegado a la conclusión de que mi aplicación solo tiene dos. Usuario - Introduce - Datos. Y estos datos se guardan en la base de datos.
Total y absoluto error. Sólo en la breve descrición que diste, yo ya he identificado siete.
No confundas acciones de la aplicación con entidades. No son la misma cosa.
Francamente, necesitas ayuda de alguien que conozca sobre BBDD. Te recomiendo buscar en el foro de búsqueda de colaboradores alguien que pueda asistirte:
http://www.forosdelweb.com/f143/