Cita:
Iniciado por ricfly 
Me gustaria saber si la eliminacion de algunas URLs con GWM que ya estan indexadas, perjudicaria mi posicionamiento.
¿Perjudicar a tu posicionamiento en qué sentido?
Cuando hablamos de posicionamiento, el término es muy amplio, y sería conveniente especificar cuál es tu preocupación al respecto.
Primero habría que saber por qué quieres eliminar algunas URL's de tu sitio, y si las eliminas, debes tener en cuenta eliminar toda mención y enlazado interno dentro de tu página, así como bloquearlas desde el robots.txt, eliminarlas desde el sitemap.xml y eliminarlas directamente desde las Herramientas para Webmasters.
Tu posicionamiento se va a mermar en la medida que, si alguien buscaba una página interna tuya a través de Google, ahora no la encontrará puesto que la has eliminado, pero como decía anteriormente, sin más información al respecto no podemos decirte en qué te podría perjudicar o beneficiar tu posicionamiento.